W grudniu 2023 roku NFOŚiGW zamroził wypłaty dotacji z „Czystego Powietrza”. Do początku lutego Ministerstwo klimatu i środowiska we współpracy z NFOŚiGW zgromadziło środki na wypłatę dotychczasowych dotacji. Trwają także prace nad zabezpieczeniem środków z programów europejskich na dalsze funkcjonowanie programu.